常用预测 lncRNA 亚细胞定位数据库，RNALocate使用指南

2020-11-13 分类：数据库使用指南阅读(5925) 收藏

在整个基因转录翻译的过程当中，基因是在细胞核发生转录，然后出核到细胞质当中发生翻译。对 lncRNA 而言，由于lncRNA的功能主要还是通过影响其它基因来实现的。所以 lncRNA 在不同的位置影响的功能肯定也是不一样的。如果在细胞核，就是参与转录调控了，经典的方式还是影响ceRNA的方式来进行调控；而如果在细胞质的话，那就参与转录后调控了，比如和mRNA形成互补双链来增加 mRNA 的稳定性。所以在研究 lncRNA 的时候，知道 lncRNA 的定位还是很有必要的。今天就给大家介绍几个预测lncRNA定位的数据库。

老基因查询

如果我研究的基因是其他人已经研究很深入的基因了，一般都会有人去做其细胞定位的。这个时候我们可以使用 RNALocate （http://www.rna-society.org/rnalocate/）进行查询。这个数据库通过文本挖掘的方式，来挖掘了已经有研究报道的基因定位。

这个数据库提供了检索的功能，我们只需要提供相关的基因名就可以来检索到结果了。

通过检索，我们就可以得到这个基因目前研究定位的具体结果了。如果有结果的话，数据库会把相关的句子列出来，来证明其文章挖掘的正确性。同时如果这个定位结果来自于数据库，也会把数据库的信息列出来。

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需要注意的是，这个数据库是2017发表的。所以关于基因定位的信息也就收集到17年之前，近3年的基因研究结果就没有包含在内了。

新基因查询

RNALocate 的数据的。由于在 RNALocate 已经知道了很多lncRNA的定位了，所以基于这些RNA的定位的序列，来进行机器学习，并获得一个相关的模型，进而对输入的基因序列来进行位置预测。

如果我们研究的基因是新的基因的话，那就不能通过上面的数据库来进行查询了，就只能通过预测来做了。目前对于定位预测的方式主要还是基于基因序列的。下面介绍的两个预测数据库也是基于上面

所以，这两个数据库我们只需要数据目标序列就行。两个数据库的差别其实也就是算法的不同而已。

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lncLocator

lncLocator（http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/lncLocator/) 打开页面是这样子的。我们需要做的就是简洁的3步。

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拿这个网站自带的示例来具体操作一遍，提交就可以得到结果。

（其中第二步邮箱只是为了保存数据结果，以后查看更方便，这里暂时不选择了）

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提交后，我们就可以知道这个序列在每个定位的具体评分了。

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iLoc-LncRNA

iLoc-LncRNA 也是一样，

（http://lin-group.cn/server/iLoc-LncRNA/predictor.php），我们只需要输入基因序列即可。

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依旧拿网站自带的example示例，输入后提交即可。

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